Gonzo se met un jour à recevoir d'étranges messages qui l'amènent à découvrir que ses parents, qu'il n'a jamais connus, étaient d'origines extraterrestres. Lors d'une apparition à un talk-show animé par Miss Piggy, Gonzo révèle au monde entier sa découverte. Peu de temps après, il est kidnappé par des agents gouvernementaux et amené dans une base militaire secrète où on veut le soumettre à des expériences peu agréables. Pendant ce temps, ses amis, dont Kermit la grenouille et Miss Piggy, se lancent à sa recherche.