Dès sa naissance, la petite Riley a été prise en charge. Outre ses parents, cinq entités, logées à l'intérieur de son cerveau, sont aux commandes: Joie, Tristesse, Peur, Dégoût et Colère. Riley grandit tranquillement alors que Joie s'impose comme la chef. Mais à 11 ans, ses parents doivent déménager de leur tranquille Minnesota, où Riley est devenue férue de hockey, pour San Francisco, où leur nouvelle vie est bien moins idyllique que prévu. Dans la tête de la fillette, Tristesse commence à se manifester de plus en plus, malgré les efforts de Joie pour que rien ne change. Mais à la suite d'un imprévu, Tristesse et Joie sont propulsées hors du Quartier Général et se perdent dans les dédales de l'esprit de Riley, où elles traversent d'étranges contrées comme le Pays de l'imagination, la Mémoire à long terme ou la Production de Rêves. Alors qu'elles essaient de retrouver leur chemin, Colère, Dégoût et Peur président aux choix de Riley, de plus en plus abattue par sa réalité.