En permission à Brest, à l'occasion d'une escale de son bateau, le matelot Querelle suscite maints désirs tant chez les hommes que chez les femmes. Il retrouve son frère Robert qui est l'amant de la patronne d'un bar fréquenté par une faune étrange. Après avoir fait trafic de drogues, Querelle en vient à assassiner un autre marin et détourne les soupçons de la police sur un ouvrier homosexuel. Un officier pourrait dénoncer Querelle mais il est lui-même attiré par le beau matelot.