En 1942, deux exilés tchèques sont parachutés à quelques kilomètres de Prague pour mener à bien une mission secrète portant le nom de code "Anthropoïde". L'objectif: éliminer le général SS Reinhard Heydrich, le tristement célèbre "Boucher de Prague", l'un des architectes de la Solution finale et le troisième homme le plus important du Reich après Hitler et Himmler. Rendus sur place, les deux combattants découvrent rapidement que la résistance tchèque, très mal en point, se montre hésitante à soutenir une opération dont la réussite pourrait déclencher des représailles sanglantes. Aidés par une poignée d'inconnus et deux courageuses résistantes, les deux hommes exécutent néanmoins leur mission, provoquant une série d'événements qui marqueront à jamais l'histoire de la Tchécoslovaquie.