Surnommé "le nettoyeur", Léon est un tueur à gages redoutable qui vit seul dans un petit appartement de Manhattan. Seule Mathilda, douze ans, sa jeune voisine de palier, semble le remarquer. Un jour, la famille de Mathilda est tuée par Stanfield, un détective véreux et psychopathe, pour une affaire de drogue à laquelle était mêlé son père. L'adolescente est recueillie par Léon qui se prend d'affection pour elle. Mathilda découvre en Léon un grand garçon qui est prêt à lui montrer comment "nettoyer". Lorsqu'elle tente seule d'éliminer Stanfield, Mathilda entraîne Léon à sa perte.