En 1609, le peintre Michelangelo Merisi, dit Caravaggio, fuit Rome, où il vient d'être condamné à mort pour meurtre, et se réfugie à Naples. Interpellé afin qu'il casse la sentence de Caravaggio, le pape Paul V confie à l'Ombre, un inquisiteur de sa garde rapprochée, la mission d'instruire la cause. Ce dernier se rend immédiatement chez la bienfaitrice de Caravaggio, la marquise Costanza Colonna. D'abord réticente à témoigner, celle-ci en vient à défendre ce peintre obsédé par la souffrance du petit monde, qu'il transcende dans des images saintes stupéfiantes de réalisme, mais que certains jugent subversives et contraires à la morale de l'Église. Au fil des témoignages, l'inquisiteur revisite les épisodes de la vie de l'artiste qu'il exècre.