San Francisco, 1876. Héros de la guerre civile devenu alcoolique après avoir participé à une expédition cruelle contre une tribu amérindienne, le capitaine Nathan Algren se fait engager par l'homme d'affaires Omura pour aller entraîner les troupes de l'empereur du Japon selon les méthodes modernes américaines. Six mois plus tard, une attaque prématurée ordonnée par Omura contre la bande du samouraï rebelle Katsumoto se solde par un massacre pour les soldats de Nathan, tandis que lui-même est fait prisonnier. D'abord méfiant, en dépit du fait qu'on le traite en invité, l'Américain apprivoise peu à peu le mode de vie des samouraïs et en vient à maîtriser leur art du combat. Il prend alors part à la révolte de Katsumoto contre l'empereur, son ancien élève, qui laisse Omura occidentaliser le Japon à sa guise.